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　　就在查理五世统治的此时期，决定了哈布斯堡家族无法再进一步扩展势力。
　　盛极必衰，向来是历史发展不变的定律。
　　就在查理五世统治的时期，决定了哈布斯堡家族无法再进一步扩展势力，而且，慢慢地走向覆亡。
　　就在查理五世统治的期间，发生了一件席捲欧洲的重大运动—宗教改革(Reformation)，造成基督教的分裂，也将许多国家捲入这场风暴中。
　　其实，早在马克西米利安一世在位时期，宗教改革的远因就已经埋下。马克西米利安一世借助了德意志商人富格尔(Fugger)的财力，在欧洲扩张势力，富格尔不但提供了马克西米利安一世竞选神圣罗马帝国皇帝的经费，也在解决很多政治问题与实现联姻。富格尔可说是马克西米利安一世不可或缺的ㄧ大助力。
　　富格尔是个政治投机份子，也亏他选对了对象，富格尔家族就此成为哈布斯堡家族最大的债主(但哈布斯堡家族也从来不怎么还钱，富格尔家族也因此破产收场)。由于得到势力日渐庞大的哈布斯堡家族在背后撑腰，富格尔胆子也相应大起来了。他开始利用天主教的腐败歛财──售卖赎罪券(Indulgence)。
　　赎罪券利用基督教教义中的原罪，及人们渴望得到救赎和洗刷罪孽的心理来歛财。当时教廷腐败透顶，教廷上下透过售卖赎罪券歛财，甚至连教皇也默许赎罪券的存在。此举使很多人对教廷彻底失望，进而动摇了天主教在欧洲的权威。
　　1517年，教士马丁.路德(Martin Luther)提出的《九十五条论纲》，算是压垮骆驼的最后一根草。对这篇振振有词的论纲，欧洲社会迴响极大，爆发了对教廷的抨击和示威。神圣罗马帝国境内很多领地也纷纷改信了新兴的基督新教(Protestantism)。
　　查理五世(也就是西班牙的卡洛斯一世)被教皇加冕为意大利伦巴底国王后，哈布斯堡家族当然也就坚负起保护天主教的责任，来对抗新教势力。这下子，麻烦可大了，因为新教徒问题并非是单纯的宗教问题，其中混杂了复杂的政治斗争，问题难以解决。
　　他花了很多钱去进行外交却无成果，到最后，他不但无法统合欧洲，甚至也无法驾驭神圣罗马帝国境内日益壮大的新教徒。位于帝国北面的尼德兰(Nederland，低地国)(富格尔最先贩卖赎罪券的地方)更因此爆发了严重的教派冲突，三十年战争结束后正式脱离哈布斯堡的统治(就是荷兰的前身)。
　　虽然西班牙军队曾经洗劫过罗马，查理五世仍然是狂热的天主教徒，作为神圣罗马帝国和西班牙天主教守护者，他坚决反对16世纪的宗教改革，不仅斥责马丁路德为异端，在积蓄力量后讨伐信奉新教的诸侯。尽管哈布斯堡持续与新教徒对抗，却始终无法解决德意志地区新教徒的问题。虽然前期取得胜利，俘虏了萨克斯选帝侯，之后却连连失利，英王、法王和土耳其苏丹也在背后做小动作，回天乏力的查理五世，只好派遣弟弟费迪南与诸侯媾和，经过马拉松式的谈判，签署了《奥格斯堡宗教条约》。
　　《奥格斯堡宗教条约》确定了德意志诸侯自主决定宗教信仰的原则，是对天主教的沉重打击，连罗马教皇都愤怒的斥责查理五世为异端。当年的查理五世风靡欧洲所向无敌，而今却被国内诸侯打败签下城下之盟，还被他忠心护卫的教皇斥责，心灰意冷的的查理五世只好于1556年放弃奥地利大公爵位和神圣罗马帝国皇帝帝位，并传给弟弟费迪南一世(FerdinandI)，而西班牙王位则传给儿子菲力普二世(PhilipII)。德意志和西班牙统合于单一王朝的鸿图大计破灭，哈布斯堡家族自此分家，这个家族在欧洲的统治逐渐走向衰落。