央视前主持人崔永元接受西安时代人物杂志社长兼总编马川采访时表示：“他(方舟子)必须死。为什么?就是因为他这个网络集团在网络使用暴力，包括他推广有毒有害的转基因，多少条人命已经在里面了，我怎么跟他讲和啊?我们往最少的说也得有一百条了吧?”
　　方舟子10月27日在其推特(Twitter)表示，马川曾骂他自己“永远都是一坨屎”。
　　方舟子指出，媒体和很多公众并没把崔永元当疯子，而是当“英雄”，所以我们也不能把他当疯子，该批还得批。
　　方舟子与崔永元因转基因结怨，2013年，崔永元“自费”过万赴美“调查”转基因食品的安全问题，宣称：“在美国的超市，转基因食品是有明显标记的，并且和非转基因的食物是分开排放的。并且大部分的美国消费者对转基因的危害是有认识的，且表示，如果能够不买转基因食品的话，他们会尽量避开这类食品，因为对人体的危害性目前还没有深刻的研究。”崔永元的转基因纪录片在国内引起轩然大波，而且他的结论和国内知名学者力挺转基因的观点大相逕庭。
　　2013年9月，崔永元与方舟子关于转基因食品市场化问题在互联网上展开辩论。崔永元2014年称方舟子常收黑基金，是网络流氓和骗子，用骗术获得67万美元，并在美国购入豪宅一栋，要求方舟子“在法庭上证明67万美元是‘正常收入’”。
　　2015年6月25日，北京海淀法院一审宣判，认为崔永元和方舟子部分微博均构成名誉侵权，各承担赔礼道歉、赔偿损失等责任。但方舟子表示将会上诉。