3月28日，国务院批准组织山东济南非法经营疫苗系列案件部门联合调查组。当晚调查组即赶赴山东，全面开展案件调查、处理工作。3月29日，部门联合调查组组长、食品药品监管总局局长毕井泉主持召开了调查组第一次全体会议，传达学习了李克强总理等中央领导同志重要批示精神，重点围绕七个方面开展工作。
　　一是彻查“问题疫苗”的流向和使用情况，全面查清案情;二是依法严厉打击违法犯罪行为，对涉案人员必须要依法依规严惩重处;三是对失职渎职行为严肃问责，包括党纪政纪处分，构成犯罪的要移送司法机关;四是做好涉案疫苗接种者风险评估，组织专家研究提出针对性分类处理措施，发现问题及时处置、科学应对。
　　五是总结案件的经验教训，提出堵塞漏洞、完善法规制度、加强疫苗监管工作意见;六是回应社会关切，及时公布案件查处情况，以及专家对涉案疫苗安全性、有效性的科学评估;七是案件调查工作完成后，全面总结案件查处、责任追究、强化监管、完善制度等情况，形成调查报告报国务院。
　　会议要求，对于在调查中故意隐瞒事实、弄虚作假、提供虚假情况的，要从严惩处。