这次总体方案对一流进行了概念化的界定——培养一流人才、产出一流成果。但是一流成果似乎比较容易界定，而一流人才却相对更难，而对一流成果的界定，理工科又比人文社会科学容易，因为理工科可以用发表国际学术期刊论文来评定，而人文社会科学发表国际学术期刊论文机会较少。
中国高校的理工科学科建设，因发表国际学术期刊论文多，而快速提高在世界大学排名中的位置，清华大学的工程类专业在美国新闻与世界报道的排名中，已列世界第一。而再看中国大学的人才培养和人文社会科学的发展，就没有理工科学科那么精彩——由于人才的指标多是一些“软性”指标(主要指国际留学生比例、博士生比例等，至于校友获得诺贝尔奖之内的国际性指标，中国高校在短期中还无法由太大的突破)，国内高校并不太在意。
在建设世界一流大学过程中，这也就成了一大问题。如果不加以解决，人文社会科学在高校中会变为弱势专业，而相关学科专业的老师，也处于弱势地位。
把不同办学定位的学校、学科专业纳入一个指标体系进行评价，本就不合理，这也是世界大学排行榜每次放榜，都遭遇争议的原因——不同类型的学校、学科，应该有不同的评价体系。
大学是社会的灯塔，一所大学的精神和文化对社会的发展应该起到引领作用。这是大学最大的价值所在。当一所大学的教授们争相发表国际论文、核心期刊论文，而不能用自己的教育，培养有独立人格、思想的学生，也不能为推动社会发展、进步贡献智慧时，就是发表的论文堆积如山，这样的一流，是很难得到社会认可的。
事实上，如果学校能完全自主，那么，根本不必在乎各种大学排行榜的指标，而应该有自己明确的定位，坚持自己的办学特色，鼓励教授们做自己感兴趣的研究和潜心教学，这样的学校，会因鲜明的特色，受到社会的关注，而成就为有影响力的一流大学。所谓特色的，也就是世界的。
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