3月5日下午，方舟子在个人微博宣佈，实名举报崔永元公益基金涉嫌违法违规。之前，方舟子曾在微博上质疑崔永元赴美拍摄的转基因调查纪录片，并透露自己起诉崔永元名誉侵权一案，崔永元方向法院提出了延期举证申请。
　　方舟子在举报微博中表示：崔永元公益基金未接受年度检查、不履行信息公佈义务、审计结果与其公佈的财务报告不符、超范围滥用社会救助资金、执行机构为营利机构、公佈的接受捐赠信息自相矛盾、公佈的支出不合常理。在微博附加的全文链接中，方舟子提出，崔永元公益基金有1972万支出至今未公佈收支明细。
　　截至记者发稿时，崔永元方尚未作出回应。