据报道，反服贸民众和学生在行政院大门口的拒马上铺起棉被，爬入行政院内，进入广场及主建筑物，并佔据院长办公室。行政院长江宜樺对于群众运动失控感到痛心，要求“内政部警政署”加派警力、强制驱离、依法处理。马英九也谴责暴力，支持行政院相关做法。
据报道，闯入行政院的部分民众与学生，进入包括院长室、机房及各办公室，办公室抽屉被翻开，机房也遭破坏。过程中群众一度与现场警方发生推挤，但有部分民众是在爬窗时遭玻璃割伤。现场的学生和民众凭人数优势，还拿麦克风喊“行政院门已打开，可以走进去”。
警力随后进驻，极力阻挡民众攀爬。现场记者目击，有医师进入“行政院”内救治伤员，随后有3名伤员送出来，并由救护车送台大医院，其中一名是警察，小腿受伤，另传有一民众是在机房触电受伤。
在学生团体攻入行政院后，台湾军方高层透露，“宪兵202”指挥部已下达“紧急召回令”，预计召回3000人，加强对马英九办公室周边的维安。台湾“宪兵203”和“205”指挥部也均接获命令，随时待命增援台湾北部。
行政院高层表示，只要进到行政院内一步就是违法，警方绝对会以“现行犯”逮捕，绝不会像立法院一样，任由学生佔领。
出动镇暴车高压水枪驱离
警方在午夜前获层峰依法行政、强制驱离的指示，两小时内集结千餘以上镇暴兵力，警政署简讯通知媒体将展开驱离动作，首波除先肃清闯入院区大楼学生加以逮捕，以现行犯送办外，零时25分也强力驱离北平东路侧后门外静坐的学生，并封锁路面，将北平东路近400公尺作为增援警力的集结地，镇暴指挥车、水枪车与全付镇暴装备的警力陆续输送抵达。随即于凌晨2时，正式展开院内驱离净空的行动。
镇暴警力在答数声下，先以纵队分批将院区内静坐区块隔离成小块状，前后夹击动手搬离呈现后躺施力静坐的学生，过程间挥肘拉扯不断，警方从行政院后门往正门执行净空行动，前后执行5波驱离，有效率陆续将民众清出，由于正门静坐区块是行动指挥群，特别顽强，警方在4时15分动用镇暴水枪车前往东孝东路的行政院正门，以强力水柱对群众展开喷洒，但群众不断反击，甚至有人上前将水枪车左前轮剌破，让水枪车退后，警民在中山北路与北平东路口发生衝突，水枪车搭配警力再次扫盪，一步步驱散民众。
警方在午夜2时后，先后展开5波驱离行动，过程间肢体衝突不断，过程间警民都有人受伤，部分伤者由抗争学生医疗团队在忠孝东路与镇江街口成立救护站包扎，其餘则分送台大与台安医院，粗估有56人就医、两人留院观察，警方在清晨5时30清空行政院区，警力并对外扩张，近7时就净空原被群众佔领的忠孝东路、北平东路、中山南、北路，恢復车流，将学生逼回立法院，行政院也将正常上班。
驱离过程中共有70多民众被带走侦讯。佔领行政院行动发起人、黑色岛国青年阵线的台湾清华大学学生魏扬被霹靂小组逮捕，上銬带走。魏扬被压制住时，原本要求自己的权利，却被霹靂小组吓斥“你现在没资格有你的权利!”在院区声援学生的民进党主席苏贞昌和前主席蔡英文在警方陪同下，率领党公职高喊“退回服贸”、“退回服贸”口号，走出行政院区。
反服贸狂暴夜
刘家母女险境举牌吁冷静
反服贸学生突袭行政院，千餘人佔领院区静坐不去，起初还有多人闯进院本部，试图闯进行政院长江宜樺办公室，这些画面经由媒体报导后，有刘家母女三人临时匆忙赶製「反暴力，还我社会安定，请适可而止」的大幅海报，搭计程车赶到行政院后侧尚未管制的北平东路上，对著50餘名勾手静坐的学生，高举海报，表达诉求。期间面临不少学生与抗议人士冷嘲热讽，甚至挑衅，一度险象环生，不少人都劝这三位母女赶快回家，她们却坚持留在现场表达诉求，呼吁学生自制，成为这场狂暴行动场域里唯一冷静透明的心。但随著学生行动愈来愈激烈，警方在此地採取第一波驱离行动后，三人微弱的声音随即遭到淹没。
刘家是由母亲带著分别就读大学与高中的女儿，刘母说，她对服贸协定通过与否没有意见，但服贸协定有立法院处理，她无法接受学生採取这么激烈行动，破坏社会的安定，此举并不符合台湾的价值观，她相信这种心声绝对佔社会多数;两位刘家女儿也说无法接受同年龄的学生採取这样的行动。对于有部分大专院校科系将採取停课，让学生投入反服贸的行动，刘母说，学生有受教权，其女若接获学校这类指示，她将向校方表达抗议。
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