该案因呼格吉勒图的父母申诉，内蒙古自治区高级人民法院于11月19日决定启动再审程序，另行组成合议庭并依法进行审理。
审理中，合议庭查阅了本案全部卷宗以及相关材料，听取了申诉人、辩护人和检察机关意见，经合议庭评议并提交审判委员会讨论，作出如下判决：一、撤销本院(1996)内刑终字第199号刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院(1996)呼刑初字第37号刑事判决，二、原审被告人呼格吉勒图无罪。主要理由是：
一是原审被告人呼格吉勒图供述的犯罪手段与尸体检验报告不符。呼格吉勒图供称从被害人杨某某身后用右手捂杨某某嘴，左手卡其脖子同时向后拖动杨某某两三分钟到隔墙，与「死者后纵隔大面积出血」的尸体检验报告所述伤情不符;呼格吉勒图供称杨某某担在隔墙上，头部悬空的情况下，用左手卡住杨某某脖子十几秒钟，与「杨某某系被扼颈致窒息死亡」的尸体检验报告结论不符;呼格吉勒图供称杨某某担在隔墙上，对杨某某捂嘴时杨某某还有呼吸，也与「杨某某系被扼颈致窒息死亡」的尸体检验报告结论不符。
二是血型鉴定结论不具有排他性。刑事科学技术鉴定证实呼格吉勒图左手拇指指甲缝内附著物检出O型人血，与杨某某的血型相同;物证检验报告证实呼格吉勒图本人血型为A型。
但血型鉴定为种类物鉴定，不具有排他性、唯一性，不能证实呼格吉勒图实施了犯罪行为。
三是呼格吉勒图的有罪供述不稳定，且与其他证据存在诸多不吻合之处。呼格吉勒图在公安机关侦查阶段、检察机关审查起诉阶段、法院审理阶段均供认采取了卡脖子、捂嘴等暴力方式强行猥褻杨某某，但又有翻供的情形，其有罪供述并不稳定。
呼格吉勒图关于杨某某身高、发型、衣着、口音等内容的供述与其他证据不符，其供称杨某某身高1.60米、1.65米，尸体检验报告证实杨某某身高1.55米;其供称杨某某发型是长发、直发，尸体检验报告证实杨某某系短发、烫发;其供称杨某某未穿外套，尸体检验报告证实杨某某穿著外套;其供称杨某某讲普通话与杨某某讲方言的证人证言不吻合。
原判认定的呼格吉勒图犯流氓罪除其供述外，没有其他证据予以证明。
记者此前从内蒙古自治区公安厅纪委获得消息：内蒙古公安厅已经在本月初组成由副厅长张有恩担任领导的调查组，开始依法调查内蒙「呼格吉勒图案」当年所有参与办案的警员。
由于时间跨度较长，牵涉人员众多，调查组目前已经将调查范围扩大到所有参与1994年侦办此案的警员，包括当年主办此案的公安机关主要领导。
内蒙古高院常务副院长赵建平表示：我们一定会吸取教训，不再出现类似悲剧!法院致歉并送上胡院长三万元个人慰问金。
呼格母亲说：感谢默默关心我们的这么多人，感谢政府，感谢大家!我感觉法律是公正的!
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