对于科研经费的管理，我国有关部门出台的管理措施，不可谓不严，可是，有多少得到了执行?而更重要的是，这些措施如果得到执行，也会出另外的问题，比如，明确要求必须按照预算购买设备，可项目根本不需要这些设备(当初列预算，是为了通过立项)，按照预算购来的设备，一直闲置，连开封都没有，科研经费没有被侵占，可却被浪费。
在所谓“严格”的行政监管之下，大家所见的是，科研人员把聪明才智都用到对付监管上了。这表明，科研管理制度出了问题。其一，行政主导的立项审批、监管体系，让学术研究掺杂诸多行政和利益因素，在立项时，最终能获得项目的，并非是最有能力开展这一研究的学者，而可能是有显赫行政职务、学术头衔，或与行政关系良好者，在立项通过之后，对项目的监管，也会视与行政的关系而定，研究者只要搞定监管者，再严格的监管措施都只是一纸空文。
其二，以资源为导向的科研人员考核、评价体系，让学术研究本就异化为争夺资源的游戏。我国的大学和科研机构，都把获得国家课题，作为重要的业绩，因此，把国家课题、经费作为对研究人员的考核指标，这对研究人员是什么导向?我国研究人员，把大部分精力用到申请国家课题、经费上，而在申请到课题之后，就想著怎样把经费折腾出来。
如果科研管理制度不变，强化行政监管，只会起到两个效果，一是进一步强化行政的权威，学术行政化的问题更严重，二是从表面上看，科研经费的使用规章明确，但潜规则暗流涌动，行政部门、学校、科研机构和学者结成利益共同体，由于有教育和学术的幌子，相比治理官场的腐败更困难。近年来，一些明显的侵占国家学术资源的违法犯罪行为，就被视为学术问题轻描淡写处理。
最近，新一年度的诺贝尔奖又要颁发，媒体报道4名华裔科学家有望获得诺奖，这再次反映出国人对科技类诺奖的热烈期待。值得反思的是，已经获得诺奖的华裔科学家和有望获奖的华裔科学家，他们的科研，都是在国外的学术环境中进行的，我国当前的科研管理制度不变，投入再多科研经费，也难以给学者全心投入学术研究、做自己感兴趣学术研究的环境，要取得有世界影响的原创科研成果，将十分艰难。
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