在此之前的2000余年的时间里，中华文明引领着东亚文明的发展，中华医学作为中华文明的重要组成部分，在东亚，包括朝鲜、日本及东南亚诸国，居於绝对主导的地位。在这2000多年的时间里，经过众多的文人和医生的不断探索，形成了一套基本上能够自洽的中医理论体系。
然而自清朝中叶到清朝末年以来，先是西洋的传教士，後是西方的炮舰打破了东亚的宁静，让国人彻底地见识到了西洋文明，包括政治制度、科学技术、文化艺术、军事力量、医学等各方面的杰出成就。直至我堂堂大清帝国无数次地向西方的莞尔小国割地、赔款、求饶之後，才让我众多有血性的文人士子痛心疾首地意识到我东方文明的落後。於是一场革中国旧文化的命的，提倡“德先生”和“赛先生”的“新文化运动”在中国大地上兴起。
这“赛先生”就是我们今天所说的“科学”，当年曾经翻译为“格致”，这里边当然也包括医学。
可以这样说，当时新文化运动的着名人物，鲁迅、胡适、梁启超、陈独秀、严复、梁漱溟、傅斯年、郭沫若等，都对中医持批判态度，主张废除中医。且都语言绝对，态度坚决，几乎没有丝毫通融的余地。如鲁迅说：“中医不过是一种有意无意的骗子”;郭沫若曾说“宁死也不会去看中医”;陈寅恪三代名医之後却不信中医;梁启超被西医错误地割掉了一个腰子，仍呼吁人们要相信西医。陈独秀、胡适、严复、梁漱溟、傅斯年等也都对中医给于了尖锐批判。而当年着名的人物中，鲜有人愿意站出来为中医说几句话。
在当时舆论的压力下，一些着名的中医也在反思，提出了废止“五行”学说，走“中医科学化”的道路。代表性的人物有上海着名中医陆渊雷、许衡之、张次公等人。
解放後，中医获得了政治上的强有力支持。解放初期立即发展中医高等教育，培养高级的中医人才。到今天，全国的中医药大学共有23所。其中的14所有博士培养点，其余的9所也有硕士培养点。表面上看中医药事业前途光辉灿烂，而实际上却是危机重重。而这危机首先发生在高等中医教育内部。
这里我这摘抄一段发表在2013年1月25日的《人民日报》一篇文章中的一段文字：
中医高等院校是中医人才的摇篮。然而，即便是在这里，中医教育也面临着西医化的命运。学生1/3时间学西医，1/3时间学外语，1/3时间学中医，已经成为普遍现象。一些中医经典课程不断被删减，甚至沦为选修课，而西医理论却日渐强化。很多学生外语和电脑水平很高，中国传统文化修养却很差，有的读不懂《黄帝内经》、《伤寒论》，有的甚至连基本的药性赋、汤头歌诀也不会背诵。更可怕的是，受教育层次越高，离中医特色越远。很多中医研究生不在中医理论基础及临床实践上下功夫，而是按照西医的模式，研究细胞和分子，做大量的动物实验。说是“中西医并重”，实际上是“重西轻中”。结果，很多学生毕业後既不懂“望闻问切”，也不会开方配药，名为中医，实为西医。一些专家尖锐地指出：“现代中医教育把学生变成了中医不精、西医不通的半成品，培养了一批中医的掘墓人。”
广西医学院教授刘力红也披露：“在他们一帮中医博士里，已经绝少有人看经典，如果哪一位博士的案头放上一部《黄帝内经》，那绝对是要被笑话的。博士案头都是什麽书呢?都是分子生物学一类的的现代书。”
学中医的不信中医，这个中的原因不是十分地耐人寻味吗?不难想像：等到这帮在校的中医学士、硕士、博士们一旦毕业後端上中医的饭碗，自然会有一些人因为饭碗的原因不得不改口称颂“阴阳五行”，大谈《内》、《难》、《伤》、《金》，而另一些人如果仍不改口，岂不真地成了“中医医学的掘墓人”?
另外一个重要的危机，恰恰来自众多的正在执业的中医医师本身。人体本来就是一架极其复杂的机器，医学知识快速地增长，可以用爆炸来形容。任何医生不可能穷尽所有的医学知识，也无能力对付所有的疾病。如果我得了某种病，看过医生後，医生说你的病我看不透或治不了，请你找别的大夫或医院诊治，我会对这样大夫肃然起敬，以後有病我还会找这个大夫。而如果你碰上这样的大夫，不管他遇见什麽样的病人，一阵望闻问切之後，立即云山雾罩地说出一堆理论，并且立马给你开出药方，并且保你药到病除!你说这样的医生还不把你吓死!我所见识的以及我听说的中医医师，属於前者的不多，而属於後者的反而不少。这样的医生为了自己一时的收入，却消耗甚至败坏了整个中医医学的威信!
对中医最大的破坏因素还是那些根本不是中医，却打着中医的幌子，随意编造出各种概念，自称神医且包治百病，在社会上到处招摇撞骗的巫医、巫婆、特异功能者、气功大师们……。
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