菲律宾公务船扫射台湾渔船致渔民死亡事件发生後，菲律宾政府最初拒不道歉，後又拖延敷衍，直至15日凌晨才表示“遗憾及道歉”。台湾当局最开始“有限度”接受了菲方回应，但在15日上午召开高层会议後，台态度逆转，认为菲道歉没诚意，相继启动对菲律宾的11项制裁措施。
　　总统马英九15日上午7时召开当局高层会议，强烈不满菲律宾政府对台湾当局所提通牒作出的回应，决定立即启动冻结菲劳工来台工作申请等3项制裁措施。
　　总统府新闻发言人李佳霏会後转述说，菲律宾政府所作回应“授权不够、诚意不够、反覆不定”，马英九对此表示强烈不满，无法接受如此轻率敷衍的结果，决定立即实施3项制裁措施。马英九还决定，如果菲律宾政府在15日18时前仍无法满足4项要求，台湾当局将再采取第二波、共8项制裁措施。
　　台行政院长江宜桦随後举行记者会，再次强调若菲特使裴瑞兹抵台後不能带来符合台湾方面通牒要求的正式声明，将启动8项新反制措施。
　　15日15时44分，菲律宾总统府发言人陈显达宣读一份声明，称菲总统阿基诺已任命马尼拉经济文化办事处主席裴瑞兹作为他的私人代表，将就菲律宾海岸警卫队人员“造成渔民洪石成死亡的不幸事件向其家庭及台湾人民转达总统及菲律宾人民的深切遗憾和歉意”。声明同时称，洪石成之死是菲方的“无心之过”。
　　对於这份声明，江宜桦表示，“声明中提到台湾渔民洪石成的死亡是一件不幸且非意料中的生命丧失，对这样的叙述，我们完全无法接受”。江宜桦说，菲律宾的声明拖泥带水、避重就轻，同时对於台湾所提出的其它3项要求没有响应，“菲律宾的说词，从头到尾都是反反覆覆、诚意不足”。
　　18时，江宜桦举行记者会，宣布立即启动对菲律宾第二波制裁措施，内容包括不鼓励台湾民众赴菲旅游、停止高层次交流与互动、停止经济交流和招商活动、停止农渔业合作等。

　　制裁措施

　　第一轮
　　1.冻结引进菲劳工。
　　2.召回“驻菲律宾台北经济文化办事处代表”。
　　3.要求“驻台北马尼拉经济文化办事处代表”返回菲律宾，协助进行妥善处理。

　　第二轮
　　1.发布菲律宾旅游警示灯号为“红色”，不鼓励赴菲律宾旅游或洽公。
　　2.停止高层交流与互动。
　　3.停止菲方经济交流、推广和招商活动。
　　4.停止农渔业合作事项。
　　5.停止科技研究交流和合作计划。
　　6.停止航权谈判。
　　7.停止菲律宾人士用“东南亚五国人民来台先行上网查核”免签措施。
　　8.防务部门及“海巡署”在相关海域办理联合海上操演。

　　核心点是菲系故意杀人

　　中国战略文化促进会常务副会长兼秘书长罗援认为，此次台湾向菲律宾声讨的核心点，在於其系故意杀人，而非正当防卫。菲律宾武装船只对手无寸铁的台湾渔民开枪，船上光弹孔就50多个，打落海中的可能还有上百发。
　　菲律宾方面从强硬到致歉的态度变化背後，也有菲国内政治因素的影响。
　　台渔民被射杀事件发生时，正值菲律宾中期选举前夕。阿基诺担心当时道歉会有损其苦心树立的“政治强人”形象，因而采取拖延战术。菲中期选举於13日举行，目前大局已定，阿基诺不必再担心对外“示弱”会影响其政党选情，这也是他决定道歉的一个原因。
　　对於台湾先後启动的两轮制裁措施，罗援认为能对菲律宾起到一定震慑作用。菲律宾劳工在台湾有8万多人，据粗略统计每年可往国内寄回7.2亿美元，这对菲律宾的经济增长有促进作用，台湾启动制裁後，对其有较大的杀伤。
　　此外，罗援认为，台湾启动到菲律宾旅游的红色警告，这对菲律宾的旅游业是很大的打击，并会影响饭店、酒店、出租车等行业。黄岩岛事件中，中国民众自发抵制赴菲旅游，菲律宾3个月之内GDP一下就降了近2个百分点。

　　台军舰越过对菲
　　“暂定执法线”

　　据台湾TVBS报道，台湾海军在台湾岛南方海域举行联合演习已经启动，16日凌晨3点50分左右，台湾海军纪德舰已经越过对菲“暂定执法线”。
　　台湾海军261战队长说，凌晨4点30分，舰只已经在“暂定执法线”以南，处於北纬19度47分35秒、东经120度50分57秒，距离“暂定执法线”已经超过12海里以上。
　　纪德舰会继续往南行到大约165海里的地方，也就是约北纬19度左右，而在这附近有许多渔民在进行捕捞作业，台湾“海巡署”派出约4艘舰艇在附近侦防，海军拉法叶舰持续在旁做侧护，据了解，纪德舰在抵达165海里後会开始北返，在上午8点左右会北返进行操演。
　　另据台湾“中央社”报道，台湾空军嘉义基地1架F-16战机15日下午因机件故障坠海，由於要全面停飞安检，因此预定参加联合护渔操演的2架F-16，改为幻影2000战机。