台湾屏东地检署检察官刘嘉凯出，初步相验搜证指出，死者洪石成疑在船舱内侧被枪击，致命伤应是死者正面脖子右侧子弹贯穿的弹孔，并表示虽暂不能确定为那一种机枪射击，但应为杀伤力非常大的重型武器射击。
船长洪育智在得知菲方指控渔船越界捕鱼，还企图冲撞海监船，才朝渔船开枪自卫，激动对海巡人员说：“杀人喊救命，有够没天理!”
洪育智还原了事发当时的情景：当天清晨5时渔船在“暂定执法线”内作业。上午9时左右，看见一艘菲国灰色海监船逼近。因采用延绳钓法，部分渔钩漂入菲国经济海域内，为免麻烦，船员赶紧收拾渔钩准备离去;未料菲国海监船人员欲强行登船，因不知对方意图，渔船拒绝受检，以13节时速全速驶离，并未冲撞对方。
他表示，菲方海监船一路紧随，上午10时许，未对空鸣枪或鸣笛示警，距渔船约3、40米时，以机枪扫射渔船，大家赶紧趴下，等枪声停止约3分钟後探头张望，见对方调头离去，才放心起身，但他父亲已倒在血泊中。洪育智说“听到枪声时，我们连忙加速逃离”，没有想到子弹一直来，“拿枪打人，这样对吗?”据其表示，子弹就像雨一样射过来，最危险的一枪直接打穿驾驶舱玻璃，置人於死地的意图明显，希望政府讨回公道。
洪育智在回忆时仍心有余悸，“广大兴28号”比菲律宾公务船还小，不可能撞击对方，没有向对方挑衅攻击，遇到对方开枪攻击後只有一路逃跑。
台当局向菲方放重话
马英九11日再度要求菲律宾正式道歉、缉凶及赔偿，保证不再发生，否则不排除动用任何的制裁手段，没有结果绝不干休。
马英九指出，得知事件後感到非常震惊。执法都不能超过必要的程度，菲国对毫无武装的渔船开枪，背离人道精神，这是非常粗暴及冷血的行为。
对於菲律宾政府至今只表示“同情”而不愿道歉，马英九说，菲律宾态度让大家感到愤慨，马英九表情凝重指出，违法杀人而不道歉，“这是什麽样的态度”，绝对不能接受。。
台湾当局相关单位组成的“广大兴28号”调查小组也正式成立。驻菲律宾大使王乐生已要求菲律宾海巡署、渔业局提出完整报告。有台湾涉外人士表示，对於後续调查，将循“司法互助”模式;台湾方面的调查小组完成报告後，也将进一步与菲律宾的调查结果比对研究。
至於攻击“广大兴28号”的菲籍涉案人员是否可能“引渡”赴台受审，据了解，双方讨论过可行性。
台北市府当天表示，全面停止与菲律宾的城市交流。台北市府指出，原本邀请菲律宾马尼拉市及奎松市参加今年的端午龙舟赛，但由於菲国公务船枪击台湾渔船，将拒绝菲律宾参赛，并全面停止台北市与菲律宾的城市文化交流。
郝龙斌指出，如果菲律宾政府没有立即做出调查结果，政府应立即停止赴菲旅游、冻结菲劳、并停止台北市与菲律宾种交流。
台湾媒体继续高度关注事件进展。《中国时报》还在平日的头版前，增加AA版，以“讨海人的悲歌”为专题。该报还发表社论，呼吁台湾当局“强硬回应”。
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