马英九在座谈会上说，清廉是他从政以来最根本核心的价值，也是他永远的坚持，他上任後致力打造廉政府，国际透明组织公布的贪腐印象指数，在他执政下创下十七年来最高分数，而这样的成果因林益世贪腐而蒙尘。
林益世毁了马政府的清廉大旗
马英九除了发表一些清廉一贯说法外，也意识到台湾民众其执政的信心危机。他在会上说，贪腐是人民对政府信赖的最强烈腐蚀剂。
但由总统召集政府高官举行清廉座谈的危机处理，除了被民进党批评闹笑话外，即使是国民党立委也质疑这种总统向官员的“上课”没有意义，而应对制度作出检讨。
在此一丑闻下高谈清廉显得格外刺耳，林益世在贪腐的同时，在其个人博客也发表文章高谈清廉，而林益世也涉案的记者妻子彭爱佳，对贪腐也一向疾言厉声批判。
马英九因此一贪腐事件而受到重创，是因应林益世被广泛视为受马英九一手提拔。台湾政治评论员称，相对於像是立法院长王金平，林益世是马英九在国民党内的亲信“自己人”。
不少评论员也认为，林益世之所以能在立委落选後进一步高昇行政院秘书长，并非行政院长陈冲所能决定，而是受到马英九青睐。
近日媒体广泛刊载的一幅照片，是在年初立委选举时，马英九亲自坐在林益世驾的机车後座为其拉票。但马英九在国民党中常会上说，林益世是受国民党前主席吴伯雄的提拔，而出任国民党政策会执行长，这样的说法被前副总统吕秀莲批评其是想撇清责任。
国民党发言人则说，马英九在中常会上表示林益世出任行政院秘书长，是他与陈冲共同决定，两人会共同承担责任，但身为党主席他的责任最大，何来撇清责任之有。
林马关系
林益世的贪腐案随着司法的侦办，其包括母亲与妻子等家人都也涉入，其目前被搜出逾七千万台币的巨款，向陈启祥指定要求以美元支付的近二百万美元，他则称已烧掉。
虽然此一贪腐案被怀疑还有其它官员或立委涉案，但林益世称其只有一人犯案，检方正调查林益世这些巨款是否涉及其它贪腐行为。
对於後续司法侦办，马英九在此一座谈会上说他保证会不分党派，严查重罚贪渎不法官员，并说不管涉案人数多少，层级多高，范围多大，一定会查到水落石出。
虽然官方一向表示其公正处理，但一种议论是检举人陈启祥，将此一案件曝光，以确保司法能公正处理。
陈启祥在媒体检举此一丑闻前，已先行向特侦组自首行贿并检举林益世，但特侦组在案件曝光後表示不接受其自首，且动用警力在一家五星级酒店将其拘提。
对此一案件的众多议论包括，若非林益世强硬地向陈启祥索取巨款，且要求一毛不能少而引起其玉石俱焚的检举，即使官方高调成立反贪部门，林益世贪腐行为也不可能曝光。
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