前副总统吕秀莲5月16日探视陈水扁後表示，陈水扁确实身体健康不是很好，全身都发黑，显然内部有什麽疾病，手脚冰冷，希望能够让他戒护就医。吕秀莲表示，有关星云大师吁请马英九应秉持“慈悲与仁爱”特赦陈水扁，陈水扁也透过她特别感谢星云大师基於宗教的慈悲展现智慧。吕秀莲指出，陈水扁会在最短时间内再度戒护外医。
　　马英九即将上任，吕秀莲则认为，马英九在4年前就职演说中对民进党有许多批评，但是马英九执政4年後，问题似乎更加严重，因此吕秀莲建议马英九应该把四年前演说稿读一遍，当时如何批判陈水扁和她执政八年，这四年来却更严重，请他跟全民说明。
　　对於油电双涨问题，吕秀莲则说，马英九应该抚平民怨，“能缓涨就缓涨”，尤其在台电爆出采购弊案时，马英九更应该拿出魄力究办，像当年侦办扁家弊案时的积极，先办几个案子，并改善台电问题，这样要提涨价“人民才会服气”。
　　至於是否会参加马英九的就职典礼，吕秀莲则说，她当天很多行程都安排在南部，所以不方便参加。
　　而针对前民进党主席蔡英文发表公开信谈论时事，甚至批评马英九“不要成为乱源”，吕秀莲认为，台湾目前面临许多内忧外患，任何人不是靠措辞或一篇文章可以决定，尤其台湾在未来4年将面临空前的挑战与危机，“批评不如拿出对策”。