本月8日，北京马拉松开始报名以来，官网报名系统中，国籍一栏一直无“日本”选项。对此，日本媒体称“北京马拉松拒绝日本人参赛”。10日深夜，记者登录官网报名系统发现，国籍中已有“日本”选项。北京马拉松组委会代表沈纯德表示，“北京马拉松拒绝日本人参赛”属误解，目前对日本的个人报名已开放。
　　2012年北京马拉松报名11月8日启动。日本朝日新闻中文网官方微博发微博称：“北京马拉松组委会表示，受日中关系影响，出於选手安全考虑，日本国籍选手不能参赛，但可以选择中国或其他国籍报名。”而记者登录北京马拉松官网发现，国籍选项中列出的众多国家里，确实没有日本。
　　当天，日本媒体纷纷报道称：“北京马拉松拒绝日本人参赛”，并将之与中日关系联系起来。
　　11日，本次北京马拉松的官方组委会代表，中国国家体育总局田径运动管理中心副主任、中国田径协会副主席沈纯德表示，北京马拉松从未拒绝日本方面的报名，这是一个误解。
　　“北京马拉松从1981年开始举办，我们从未拒绝日本选手。按照惯例，日本选手一直是采取集体报名的方法参赛，这主要是便於对外国选手进行管理，比如领取号码布，也方便他们得到各种帮助和服务。”沈纯德说。
　　在日本提出个人不能报名的问题後，北京马拉松官方网站做了修正，“既然有参加的热情，认为也有必要，我们就放开针对日本选手的个人报名，欢迎他们前来。”沈纯德表示。