2000年3月9日，一架俄罗斯雅克-40小型客机在莫斯科谢列梅捷沃1号机场起飞时坠毁，机上9人全部罹难。
　　2003年5月26日，乌克兰航空公司一架雅克-42型客机在土耳其北部特拉布宗省马奇卡县坠毁。机上12名机组人员和62名乘客全部罹难。这些乘客全部是在阿富汗结束4个月国际维和任务后回国的西班牙维和人员。
　　2004年1月13日，一架乌兹别克斯坦航空公司的雅克-40客机在该国首都塔什干机场附近坠毁，机上37人全部死亡，其中包括联合国驻乌代表处负责人理查德·康罗伊。
　　2007年6月23日，吉尔吉斯斯坦一架雅克-40客机在吉南部纳伦州迫降后发生爆炸，但没有造成人员伤亡。